Podmiot ustala we własnym zakresie wysokość należnej opłaty i wnosi ją na rachunek właściwego urzędu marszałkowskiego lub na rachunek Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej, bądź wojewódzkiego funduszu ochrony środowiska i gospodarki wodnej.
Opłaty za korzystanie ze środowiska oraz opłaty produktowe za produkty i opakowania są zobowiązaniem podatkowym. Nie uiszczone w terminie podlegają wraz z odsetkami za zwłokę przymusowemu ściągnięciu w trybie określonym w przepisach o postępowaniu egzekucyjnym w administracji.

Najczęściej popełniane błędy przy ustalaniu wysokości należnych opłat:

• nieaktualne druki,
• nieaktualne stawki,
• brak zaokrąglania kwot,
• brak podpisów osób upoważnionych do reprezentowania podmiotu,
• w przypadku opłat za korzystanie ze środowiska – brak informacji o pozwoleniach/określenia rodzaju emisji zorganizowana-niezorganizowana,
• w przypadku opłat za korzystanie ze środowiska – niewłaściwie określane miejsce korzystania ze środowiska lub brak określenia,
• w przypadku opłat za korzystanie ze środowiska – brak obliczeń dla wszystkich rodzajów zanieczyszczeń emitowanych ze źródeł,
• w przypadku opłat za substancje kontrolowane – błędna interpretacja przepisów ustawy o substancjach zubożających warstwę ozonową i wykazywanie ilości substancji sprowadzonych do kraju a nie wprowadzonych do obrotu,
• w przypadku opłat za substancje kontrolowane – uśrednianie stawek dla substancji w mieszaninie zamiast liczenia średniej ważonej.”